Tom Loonen is als hoogleraar een ervaren docent. Interactie en betrokkenheid van studenten is zijn motto. Hij doceert aan de Vrije Unversiteit de vakken ‘Compliance’, ‘Wet- en regelgeving’ (Wft en Wwft) en ‘integriteit en ethiek’. Dit doet hij aan de opleidingen ‘Risk management in financial institutions’, ‘Investment Management’, ‘Compliance & Integriteitsmanagement’ en ‘KYC-expert’.

Aan de Master in International Finance (MiF) van de Universiteit van Amsterdam doceert hij ‘Corporate Governance’. Hij doceert het vak ‘Zorgplicht’ aan de Universiteit Nyenrode.